對家禽健康、腸道細菌與抗生素之間相互作用的理解清晰地表明，盡量減少抗生素的使用符合每個人的利益。
一隻家禽攝入的每克飼料與飲用的每一滴水的表面都含有至少100萬個細菌。每一口食物都會對生存于人類與動物腸道中的龐大細菌群（也稱為群系）造成影響。
我們也被數不勝數的細菌所覆蓋，這些細菌相互作用，廣泛地影響整個機體的生物功能。我們身體上細菌細胞的數量與我們自身的細胞數量的比是10:1。事實上，如果外星人到達地球上，掃描我們尋找生命迹象的話，會得出這樣的結論：人類是由存在共生關系的微生物所組成的一個群落。這和家禽是一樣的，當這種極為複雜的共生關系不正常的時候問題就會出現。
抗生素——神奇的藥物
抗生素于20世紀50年代被應用于畜牧業，起初被看作是一種萬能的神藥，既可以預防疾病又可以提高家禽的性能。它們的機理簡單地說就是通過清除胃腸道裡所有的細菌來減輕疾病。但是，抗生素在消除有害細菌的同時也消滅了有益細菌。
據聖大衛家禽團隊（St David’s Poultry Team）的Richard Jackson稱，這樣以來的結果是，疾病雖然被治愈了，但随之熱來的負作用則意味着墊料的質量很差，這也是他要解決的問題。他說：“我們10年前開始研究抗生素使用的減少，現在我們用以處理感染的藥物中有40%都不是抗生素。”
“有的時候我們必須使用抗生素，但是在這個國家我們沒有足夠的時間來探索替代性的方法。很多獸醫都沒有進行過使用補充性選擇的培訓。”
抗生素的替代策略
現在Richard Jackson已經開始使用益生菌和益生元、精油和其他的替代策略來支持家禽健康。對水質量的重新專注研究也被認為有益于家禽健康。
因此，抗菌藥的減少不應隻是零售商和監管者壓力造成的結果，找到替代方案也有可能限制有害的負作用。而挑戰是找到哪種方案有效。市場上滿是精油、益生菌和其他的藥劑産品，聲稱能夠預防或減輕疾病。
比利時根特大學的Richard Ducatelle說：“家禽的腸道中總有一定程度的腸炎。”Richard Ducatelle指出，科學正在逐漸了解細菌群系，而通過維護細菌的平衡來預防疾病似乎是最好的策略。動物健康正在從隻是破壞微生物向培育有益菌的方向轉移。“我認為這是獸醫職業的未來。但是，獸醫要坐下來和營養師談談該如何配制正确的日糧。”
對于喬治亞大學家禽團隊的臨床醫師Stephen Collett來說，事情的關鍵就是保證從家禽飼料到最終産品——人類消費的蛋白質的高效轉化。他說：“更多時候，獸醫的工作是提高最低的四分位值的性能，而不是試圖提高最高的四分位值的性能。”
培育、供養和清除
Collett指出，實現這一目的******的方法是确保家禽的腸道能盡快、盡可能地處于良好狀态。他的“培育、供養和清除（Seed, Feed and Weed）”很好地诠釋了這一點：在腸道培育（Seed)合适的細菌，确保細菌有養料(Feed)來平衡生長，清除(Weed）腸道中任何會導緻疾病或影響性能的成分。
Collett說，細菌培育過程要從母代開始，自然發展起來的細菌群落會從母代傳給後代。“家禽行業很擅長在解決問題的時候制造另一個問題。”由于孵化與種蛋産蛋過程相互分離，這個過程進行的不是那麼有效。
同樣重要的是肉種雞的日糧。它們的日糧要能平衡它們的生長率和種蛋孵化的需求。Collett解釋說，這樣的平衡通過飼喂粉料來實現，即飼喂具有營養價值不高的大量日糧，導緻大量不消化的物質通過禽隻的後腸，通常後腸生存着益處不大的細菌。這些細菌依靠這種不消化的物質大量繁衍,肉種雞禽舍中潮濕的泡沫狀的墊料就是這種物質的體現。
這有什麼相關性呢？父母代的的細菌環境會遺傳給下一代。Collett說：“大自然似乎先于我們一步。”雖然現代的孵化場需要一個無菌的環境，孵化前進行的細菌試驗也證明了孵化場是無菌的，但是在孵化後再次做這樣的試驗會發現托盤中有大量的細菌存在。“我們此前所認為的無菌環境現在已經有了菌群的存在。”Collett表示。“一個清潔的蛋和一個髒的蛋區别也沒有那麼大——它們都是從同一個部位下出來的。”
雞群的無菌環境
現在有這樣的一個現成機會——或許可以通過研究種雞的日糧來促進子代腸道的發展。或者在考慮開食料的益生菌/益生元成分的時候記住這一點。另外的一個無菌環境是家禽所在的清潔棚舍。因不斷面臨健康挑戰而需要抗生素的雞群可能在不經意間創造了一個讓緻病菌過度生長的環境。
Collett解釋道，接受抗菌藥處理的禽隻胃腸道上端的養分吸收情況良好，而藥物會破壞下部腸道，導緻有害細菌的出現，導緻潮濕糞便的産生。潮濕墊料有其自身的問題，而任何環境中病原體的增加都會增加禽群在未來面臨健康挑戰的可能。雖然抗生素是應對疾病的一個重要工具，但是很顯然，在畜牧業中減少抗生素的使用有益于家禽健康，符合養殖戶的最基本利益。
感染的機理
Collett說，在考慮抗菌藥如何生效的時候，很重要的一點是記住家禽在其胃腸道的下部發酵未消化的食物。和反刍動物不同，在家禽中，容易吸收的養分在其消化系統的上部被吸收，而較難吸收的食物（比如非澱粉多糖）在盲腸中得到進一步吸收。
在盲腸中，日糧中未消化的成分會進一步分解，此後這些成分會經曆一個叫做逆蠕動的過程，未消化的養分會再次進入腸道中進行消化。“雞的小腸極其短，”Collett 解釋說。“這是鳥類為了能飛起來而出現的一種适應性變化。但也正是它決定了飼料轉化率和生長的效果。”小腸的表面如何發展，尤其是小腸的表面積，将會影響到雞隻的性能。這裡正是微生物區發揮重要作用的地方。“腸道的下部是處理未消化日糧的微生物定居的地方。腸道中微生物的定殖很重要，而我們用向微生物供應的食物來極大地改變了微生物的群落。
如果細菌的平衡被打破，那麼諸如産氣莢膜梭菌的有害微生物就會占據主導地位。它們會以留存于腸道下部的養分為生，開始分泌更高濃度的毒素，然後由逆蠕動過程推至上部腸道，從而對腸道内膜造成傷害。腸道的損壞意味着更多的可消化養分将被腸道中有害的細菌菌落消耗，使問題複雜化。