随着我國經濟、政治、文化、社會建設和生态文明建設走向更高的起點上，世情、國情、農情将繼續發生深刻變化，獸醫衛生工作處于新的發展環境，但想要更好的發展還需面對多重挑戰。
 
　　一是動物疫病防控形勢并不樂觀
 
　　重大動物疫病仍在部分區域流行，主要人畜共患病流行範圍呈擴大态勢，外來動物疫病傳入風險持續存在。養殖規模化程度較低、活畜禽長途調運、現宰現食等養殖、流通和消費方式嚴重制約動物疫病防治水平的提升。
 
　　二是動物産品質量安全風險管理難度加大
 
　　從養殖到屠宰鍊條長、環節多，以藥物殘留為代表的化學性風險和以人畜共患病為代表的生物性風險并存，難防範、難管理。
 
　　三是獸藥行業小散亂差現象同時存在
 
　　企業數量多、規模小，創新能力不強，産業集中度低、産能利用不足、産品同質化嚴重。假冒僞劣與生産經營使用不規範問題交織，市場秩序需進一步規範。
 
　　四是屠宰行業轉型升級任重道遠
 
　　規模以上屠宰企業僅占20%。行業産能嚴重過剩，多數屠宰企業實際屠宰量遠低于設計能力。收費代宰現象普遍。私屠濫宰、屠宰病死豬、注水、注入瘦肉精等違法行為嚴重幹擾正常市場秩序，危害動物源性食品安全。